L'histoire est centrée sur Kaito, un passionné d'énigmes qui étudie dans une école privée du nom de "Root Academy." Il est sélectionné pour assister au "Phi Brain" pour ses excellentes capacités intellectuelles.
Un jour, lui et son ami d'enfance, Nonoha, luttent face à une énigme "impossible", cachée dans des ruines près de l'école. Ils sont aidés d'un appareil donné à Kaito par le président du conseil d'étudiants.
L'énigme, ou "L'énigme du philosophe", est une création d'un mystérieux groupe nommé "POG" (Puzzle of God). Lorsqu'il réussira à résoudre cette énigme, il sera désigné en tant que "Solver". Ensemble, ils lutteront partout dans le monde face aux "énigmes du philosophe" de POG.
Source : Icotaku